O tratamento da infecção causada pela clamídia é feito com antibióticos como a azitromicina, eritromicina e minociclina. Durante o tratamento deve ser feita abstinência sexual, 7 dias a partir do início do antibiótico ou 7 dias a seguir a dose única, para evitar a transmissão da clamídia, sendo que o parceiro também deve ser tratado.
Devido ao tempo prolongado de incubação da clamídia, às vezes sem sintomas, é possível ter havido o contágio há mais tempo, por isso é importante o tratamento dos parceiros com os quais houve contato sexual até os dois meses anteriores ao exame. Para prevenir a contaminação pela clamídia deve-se sempre praticar sexo com uso de camisinha.
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Se houver suspeita de infecção por clamídia deve-se procurar um serviço médico o mais breve possível para a confirmação diagnóstica e tratamento. O clínico geral, o urologista ou o ginecologista são os médicos indicados para tratar essas infecções.