Antes da chegada dos espanhóis às Américas, a região onde hoje está Colômbia era habitada por várias tribos indígenas que haviam atingido um bom nível de desenvolvimento, destacando-se a tribo muiscas, conhecidos também como chibchas.
Os primeiros espanhóis a pisarem em terras colombianas foram Alonso de Ojeda e João da Cosa em 1499. Posteriormente, várias expedições passaram pela região litorânea, até que, em 1525, foi fundada a primeira cidade da Colômbia: Santa Maria. Cartagena foi fundada oito anos depois, em 1533. Em 1538, Gonzalo Jiménez de Ojeda, após derrotar os índios chibchas, fundou a cidade de Santa Fé de Bogotá, e deu um nome ao país que se formava: Nova Granada. A região, rica em minerais, esteve sempre na mira dos piratas (corsários), e anos depois, dos franceses e ingleses.
Até 1717, a região da então Nova Granada era dependente da administração de Lima, no Peru. A partir desse ano, Bogotá passou a ser a capital de um novo vice-reinado, o vice-reinado de Nova Granada, que agregava os territórios correspondentes aos atuais Panamá, Equador, Venezuela e Colômbia.
Em 1811, Simón Bolívar, militar e político, proclamou a independência da então Nova Granada. Devido à resistência dos espanhóis, somente em 1819, foi criada a República da Colômbia, foi promulgada a primeira constituição, e Simón Bolívar foi declarado presidente. Em 1821, a região era chamada de Grã-Colombia, sendo que a liderança dessa grande área era de Simón Bolívar.
A partir de 1830, com a morte de Bolívar, Equador e Venezuela se tornaram independentes. A independência do Panamá ocorreu em 1903.
Em 1849, são formados os dois partidos políticos colombianos: o Liberal e o Conservador. A rivalidade entre eles deu inicio a uma guerra civil em 1899, conhecida como a Guerra dos Mil Dias, que teve fim em 1903. Instaurou-se então um período de relativa paz.
Em 1948, com o assassinato do líder liberal Jorge Eliecer Gaitán, explodiu novamente a rivalidade entre liberais e conservadores. A violência teve inicio em Bogotá e se espalhou pelo interior do país, levando milhares à morte. O conflito levou os partidos rivais a um acordo. Os líderes deram respaldo a um golpe militar (1953 e 1958) e resolveram que o poder seria compartilhado.
Porém, alguns líderes liberais que viveram a violência, nas décadas de 30 e 40, insatisfeitos com o acordo, instituíram as Forças Armadas da Colômbia (Farc), em 1964.
Após as Farc, outras organizações de guerrilheiros foram fundadas, como o Exército de Libertação Nacional (ELN) e o Movimento revolucionário 19 de abril (M-19). Atualmente o M-19 é um partido político.
A partir dos anos 70, os Cartéis do Narcotráfico se estabelecem na Colômbia, implantando um poder paralelo. O país passou a produzir cocaína em grande escala na década de 80, já em parceria com as Farc.
A luta contra o narcotráfico é iniciada em 1984. Na década de 90 os Estados Unidos se envolvem na guerra contra o narcotráfico, caçando os lideres dos cartéis. Na época foi preso o narcotraficante, líder do cartel de Medellín, Pablo Escobar.
Atualmente, a Colômbia é a maior produtor de cocaína do mundo, abastecendo principalmente os Estados Unidos. As Farc dominam cerca de 20% do território colombiano, e conta com aproximadamente 17 mil guerrilheiros.