A história do Paquistão começa há mais de 3.000 anos a.C., quando os habitantes do vale do rio Indo resolveram se agrupar em estados. Posteriormente diversos povos invasores assentaram-se na região, criando uma das civilizações mais avançadas da antigüidade. Ao longo dos séculos os conquistadores foram diversos: persas, árabes, mongóis e ingleses.
O país que hoje conhecemos como Paquistão era inicialmente parte da Índia. A história paquistanesa atual começa durante o período em que a Índia era colônia britânica, época em que alguns muçulmanos iniciaram o processo para obter um estado soberano. Allama Iqbal (escritor e filósofo) e Muhammad Ali Jinnah (que se tornou líder do movimento) foram os proponentes da idéia de um estado muçulmano. Assim sendo, o Paquistão foi fundado em 1.947.
Desde a fundação do estado paquistanês até 1.971, o Paquistão ocidental esteve unido ao Paquistão oriental, do qual estava separado por 1.700 km, mas este último, com o apoio da Índia, conseguiu separar-se do primeiro e formou um novo país chamado Bangladesh.
Índia e Paquistão, logo depois da divisão, entraram em guerra pela posse da região da Caxemira (são 220.000 km² de área e mais de 12.000.000 de habitantes, de maioria muçulmana). Hoje, a Índia controla 2/3 do território daquela região e o Paquistão o restante. O fato é que ambos os países entraram três vezes em guerra: 1.947, 1.965 e 1.971. A tensão aumentou, em 1.998, quando os dois países fizeram demonstrações de poderio bélico nuclear.
A história política deste país está marcada por períodos alternados de ditaduras militares e governos democráticos. Mesmo com a criação da constituição do Paquistão como uma república islâmica, em 1.956, os militares tomam o poder por dez anos. Depois da guerra com a Índia, em 1.971, se dá a volta de um governo democrático que foi interrompido, no final da década de 70, com a execução pública de Zulfikar Ali Bhutto, sentenciado pelo assassinato de um oponente político. Sua filha, Benazir Bhutto, governaria o país de 1.988 até 1.990 e de 1.993 até 1.996.
Em 1.999, o general Pervez Musharraf toma o poder perante a crescente corrupção do governo então liderado por Nawaz Sharif. Musharraf continua no poder até hoje, através de uma série de manobras políticas bem questionáveis (como mudar a constituição, por exemplo).
Benazir Bhutto regressa ao Paquistão após alguns anos de exílio (com a esperança de poder participar de eleições democráticas ante a possibilidade de Musharraf sair da cena política), e é assassinada no dia 27 de dezembro de 2.007.