Os índios guaranis habitavam o país, que hoje conhecemos como Paraguai, quando, em 1515, Juan Díaz de Solís descobriu aquela região, seguido, em 1525, pelo português Diego Garcia. Um ano depois, a serviço da Espanha, o navegante italiano Sebastián Gaboto explorou, em parte, os principais cursos de água daquele país. Aventureiros espanhóis vieram, em 1537, para tentar encontrar ouro e construíram um forte chamado Nuestra Señora de la Asunción, local que viria a ser Assunção - a atual capital do Paraguai. O Paraguai colonial e a Argentina foram governados conjuntamente até 1620.
Os jesuítas estabeleceram, no final do século XVI, um grande número de missões. As missões eram habitadas por índios convertidos pelos missionários, que formavam pequenas comunidades independentes econômica e politicamente.
Seguindo o exemplo da Argentina, o Paraguai proclamou sua independência no dia 14 de maio de 1811, ratificada pelo congresso dois anos mais tarde. A partir daí, o país conheceu uma série de regimes.
Em 1865, Francisco Solano López entrou em guerra com Brasil, Argentina e Uruguai. Foi a Guerra do Paraguai (durou até 1870), que teve conseqüências trágicas: provocou a ruína do país, dizimou a população masculina, reduziu a extensão territorial e originou a ocupação do exército brasileiro até 1876.
A partir de 1912, alternaram-se períodos de estabilidade política e revoltas. A região do Chaco (na fronteira com a Bolívia) gerou uma série de conflitos motivados pela existência de petróleo. Assim, em 1928, começou a guerra do Chaco, seguida da invasão da região pela Bolívia. Depois do armistício, em 1935, o Paraguai recebeu três quartos da região disputada, pelo tratado de 1938.
Desde 1940, o país viveu uma alternância entre os liberais (colorados) e os conservadores (azuis) através de regimes ditatoriais e juntas militares. Alfredo Stroessner (apoiado pelo partido colorado) foi o militar que mais tempo ficou no poder (1954-1988).
Nos anos 70 e começo dos 80, o Paraguai viveu um período marcado pela crise econômica e pelo aumento do desemprego. O general Stroessner foi retirado do poder através de um golpe militar, em 1989, liderado pelo general Andrés Rodríguez. Seu governo orientou sua política para várias reformas econômicas (privatizações) e políticas (democratização e ratificação da nova constituição, em 1992).
Em maio de 1993, foi eleito, democraticamente e com a maioria dos votos, o primeiro presidente do Paraguai, seu nome era Juan Carlos Wasmosy.